肯定能取，不会扣小额账户管理费。因为：
1、存折不存在小额账户管理费；
2、银行存蓄卡小额账户管理费存款一般低于300元（部分银行低于500元）才收取。
但是银行存蓄卡有部分银行会收取年费，一般10元/年。
如果2000年存款到现在无交易记录，如果是存折直接到银行柜台上支取，如果是银行存蓄卡取应该属于“睡眠账户"，一般需要到开户行柜台激活后再支取。
不能起诉。
因为2000年以前的工龄买断一般采用一次性支付的方式，属于双方自愿协商达成的劳动合同约定，不属于劳动法律关系。
劳动法规定，劳动合同无口头约定或者不符合规定形式的，用人单位应当依照劳动合同法的规定签订书面劳动合同。
因此，工龄买断一经双方协商确定，无法继续追究和变更。